Wenn Sie Scid von der Shell oder Konsole starten, können Sie Kommandozeilen-Optionen spezifizieren. Datenbanken im Scid-Format (mit oder ohne Dateiendung wie z.B. ".si3") und PGN-Dateien, die geöffnet werden sollen, können angegeben werden. Beispiel:
Außerdem gibt es optionale Argumente, die kontrollieren, welche Dateien Scid suchen und beim Start verwenden soll. Sie können die Benutzung von Endspieltabellen mit der Option -xtb (oder -xt) ausschalten, das Laden der Datei zur ECO-Eröffnungsklassifikation mit -xeco oder -xe verhindern und mit -xspell oder -xs vermeiden, daß die Datei zur Schreibkorrektur geladen wird. Die Option -fast oder -f bewirkt das in einem, d.h. scid -f ist äquivalent zu scid -xeco -xspell -xtb.